A szabadságharc idején II. Rákóczi Ferenc és Bercsényi Miklós kurucai 1706-ban elfoglalták a várat, de rövid idő után a Starhemberg Guido és Pálffy János vezette császári csapatok visszavették. Ezzel befejeződött a vár hadi szerepe. A XVIII. század közepén 1756-ban Krey András katonai mérnök mérte fel és rajzolta le a Várhegy és a Víziváros erődítéseit, mely rajz pontosan feltünteti a vár e századi állapotát. Miután Mária Terézia Esztergomot Barkóczy Ferenc hercegprímásnak átadta, 1763-ban megkezdődött - a lebontott középkori székesegyház helyén - a hatalmas méretű Bazilika felépítése. Ez időben került lebontásra a vár erődítményeinek nagy része és a palota falmaradványai is. A középkori palota és a vár egy részének feltárását a Várhegy déli oldalán 1934-1938 között a Műemlékek Országos Bizottsága végeztette, mely munkálatok 1964-től folytatódtak. A MOB által végeztetett helyreállítás Lux Kálmán és Lux Géza építészek irányításával és Várnai Dezső építész közreműködésével készültek Gerevich Tibornak, a MOB elnökének irányítása mellett.
Konrád német császár, VII. Lajos francia király és I. Frigyes német császár is. 1198 fordulópont volt a város életében. Ebben az évben Imre király átadta a várat az érseknek, és Esztergom megindult az érseki székhellyé alakulás útján. A tatárjárás során még sikeresen betöltötte védelmi funkcióját, de az Árpád-kort követő trónutódlási harcokban komoly sérüléseket szenvedett az épület. Amikor Mátyás király nevelője, a humanista tudós Vitéz János lett az érsek, elkezdték átalakítani a várat reneszánsz érseki palotává. A terv csak részben valósult meg, mivel a mohácsi vész után újra a védelmi funkciók fejlesztése került előtérbe. Mindhiába, 1543-ban a török sereg elfoglalta a várat, és csak 1595-ben foglalják vissza, de rá 10 évre ismét török kézre kerül. Véglegesen csak 1761-ben kerül vissza az érsekség tulajdonába. A palota romjait csak a 20. század első felében kezdték el feltárni és helyreállítani, majd az 1960-as években újabb várrészeket állítottak helyre. Az Árpád-korban épített vár déli végében állt a Fehér torony, amelyben ma is láthatjuk Vitéz János egykori dolgozószobáját, azaz Studiolóját.